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支払方法の少なさ、送料とも不便。
また、在庫切れ表示がされていない本でも
実際は在庫切れということがある。

店頭に並べれない商品を通販で売る。これがここの処理方法。商品交換しますって誠意を見せてるつもりが送ってくる品が日焼け商品、破れ商品。Yahooオークションの中古品のほうが自ら申告してくれるから信用できる。この書店は偽りだらけの最悪な会社。

ちょっと弁解地味たこといわせてください。
確かにユーザーとしては本がほしいのであって送料なんて払いたくないに決まっています（そういう意味で賛成を一票入れさせていただきました。）。しかし実際にはかなり難しい面があることをどうかご理解いただきたいです。
アマゾンや楽天が送料を無料にできたのは書籍流通にとって大革命でした。自社の巨大な在庫から直接本を届けるネット専門の書店だからこそ可能になった料金システムなんですね。書店在庫および取次ぎから取り寄せた本を宅配便を使って送る紀伊国屋Web方式とはまったく異なります。ちなみに本１冊の代金の配分は６割がメーカーである出版社、そしておよそ２割は取次ぎ（トーハンや日販など）と呼ばれる仲介業者、そして残った２割のうち小売店である書店は５％の消費税も負担しますので実質１５％だけが書店の取り分になります。１０００円の本を売っても書店に入るのは１５０円だけです。そこに送料を負担するとなると完全に赤字になります。５０００円以上というのはそういった状況でぎりぎり利益を出せるようになる範囲の基準なのです。
経営努力が足りないといわれればそれまでですが、このシステムがあったおかげでなんとか本という媒体が生き残ってこられた面もあります。本とはもともと大変なぜいたく品です。希少な古本を購入したつもりで大目に見ていただけないでしょうか。。
ちなみに１００００円以上購入で代引き手数料も無料になります。参考ページで紹介した書籍に詳しい事情がのってます。
ながくなってすみません。

どうしても欲しかった本がAmazonになかった場合に、泣く泣く利用したことがあります。
Amazonや他の書店サイトが1500円以上で送料無料になっているので、5000円以上で送料無料という設定はありえないでしょう。